Yersin thích sống chung với người dân nghèo. Ở xóm Cồn, chẳng bao lâu ông trở thành người bạn lớn của đám trẻ. Thỉnh thoảng, ông cho chúng kẹo, tiền lẻ để mua quà. Ông thường xuyên khám bệnh, phát thuốc miễn phí cho người nghèo.
Yersin từ trần tại nhà riêng ở xóm Cồn, Nha Trang. Trong di chúc để lại, ông đã viết: "Tôi muốn được chôn ở Suối Dầu. Hãy chôn tôi nằm úp xuống. Yêu cầu ông Bùi Quang Phương giữ tôi lại tại Nha Trang, đừng cho ai đem tôi đi nơi khác. Mọi tài sản còn lại xin tặng hết cho Viện Pasteur Nha Trang và những người cộng sự lâu năm".